Durante el Holoceno tardío en el archipiélago patagónico septentrional (~41°30′-47°S), convergerían sistemas culturales diferenciados, interrelacionándose grupos con tradiciones culturales portadoras de cerámica y economías basadas en la producción de alimentos (hortícolas) con grupos de cazadores-recolectores-pescadores marinos presentes desde el Holoceno medio. En este trabajo se evalúa los cambios y continuidades en los patrones de subsistencia y dieta de los grupos que ocuparon este archipiélago a lo largo de su secuencia de ocupación, de acuerdo a los resultados del análisis de los valores de δ13C y δ15N correspondiente a restos humanos de 27 individuos (~4400-150 años cal aP) del Archipiélago de Chiloé (~41°30´-43°S), los que son integrados con la información obtenida anteriormente de 36 individuos (~2000-300 años cal aP) provenientes del Archipiélago de los Chonos (~43°-47°S), así como con muestras complementarias de algas y arqueofauna. A partir de la dieta estimada de 63 individuos, se sugiere una baja intensidad de la interacción de estas trayectorias culturales a lo largo del tiempo en el archipiélago patagónico septentrional con continuidad de los sistemas de caza, pesca y recolección marina. Luego del contacto europeo, se reflejarían los mayores cambios en la subsistencia de estos grupos humanos, especialmente en el Archipiélago de Chiloé.