הוגים רבים בימי הביניים התייחסו לחלקים מסוימים במשנתם כאל ״סוד.״ על תופעה זו בקרב המקובלים אין צורך כלל להכביר במילים, שהרי כל תורתם היא בבחינת ״תורת סוד.״ אך גם בקרב בעלי המחשבה הפילוסופית רווחת גישה זו, ודוגמה בולטת לכך היא הרמב״ם, שכתב כבר בהקדמת ספרו שבכוונתו לכתוב רק בראשי פרקים, לגלות טפח ולכסות טפחיים. גם במהלך הספר אין הוא נמנע מלהעיר מפעם לפעם ״כי הוא סוד מסודות המציאות וסתר מסתרי תורה״ (מורה נבוכים, א, כו), ״זה סוד גדול מן הסודות״ (שם, א, ל), וכדומה. תופעה זו שימשה כר פורה למחקר במאות השנים האחרונות.