El estudio de la Misión Salesiana (siglos diecinueve y veinte) contribuye al conocimiento del impacto que las misiones religiosas tuvieron en América. Los registros históricos sugieren un cambio en la dieta, hacinamiento y alta frecuencia de enfermedades pulmonares infecciosas, como la tuberculosis. Muchos problemas de salud surgen de desequilibrios dietarios. La insuficiencia nutricional crónica hace que los individuos sean más susceptibles a las enfermedades infecciosas, y esto a su vez reduce la disponibilidad de nutrientes para la persona, creando una retroalimentación positiva. El objetivo de este trabajo es explorar el impacto que tuvo el contacto continuo en Patagonia Austral —específicamente en el caso de la Misión Salesiana— sobre la población originaria, a partir del análisis de marcadores metabólico-nutricionales e infecciosos y teniendo en cuenta el estado nutricional y estilo de vida de los individuos que allí habitaron. Para evaluar el cambio se compararon los resultados de los individuos de la misión con información previamente publicada y nuevas revelaciones de individuos del norte de la Isla Grande de Tierra del Fuego. Por un lado, se observó una elevada prevalencia de signos patológicos tales como hiperostosis porótica, cribra orbitalia, hipoplasia del esmalte y caries; por otro, fuentes documentales y estudios de isótopos estables indican un cambio en la dieta que conlleva una reducción en la variedad de alimentos. Los cambios producidos en el estilo de vida y la alta frecuencia de enfermedades infecciosas pudieron actuar sinérgicamente, influyendo en la drástica reducción del número de personas que habitaba dentro de la misión.