L'estimation de la qualité des cours d'eau, à la fois en terme de milieu physique et de qualité de l'eau, est une nécessité croissante. Les « indices macrophytes » peuvent être utilisés en complémentarité de méthodes plus usuelles, analyses d'eau ou indices biotiques. Certains indices macrophytes proposés par la littérature ont été appliqués et testés sur 5 rivières du Nord de la France, correspondant à des substrats géologiques et à des situations de pollution et/ou de trophie contrastées. Ce sont : le Diagnostic Phytoécologique à partir des indices d'Ellenberg, le Plant Score de Harding, l'Indice Trophique de Newbold & Holmes, le Taux de Dommage de Haslam. Une comparaison avec les analyses d'eau a été réalisée. Les diagnoses sont globalement concordantes, mais leur acuité est variable. Les listes d'espèces fournies par les auteurs sont en général très incomplètes et éludent de nombreux problèmes de taxonomie. Le niveau de bioindication (notion de « trophie », paramètre écologique analytique comme les orthophosphates, ...) en fonction de l'état physique du cours d'eau, est rarement précisé. Les indices proposés dans les trois premières méthodes citées sont rarement étayés par l'analyse détaillée des distributions espèces/facteurs (profils écologiques). La méthode de Haslam présente un caractère intégrateur marqué fondé sur l'écologie des cours d'eau, même si l'aspect floristique est incomplet. Son application en France est obérée par la méconnaissance des phytocénoses de référence et des séquences de dégradation, et par l'absence d'une grille précise de trophie-substrat géologique nécessaire pour l'estimation des altérations de la qualité de l'eau. Les méthodes de Harding et de Newbold & Holmes sont de mise en œuvre plus simple et donnent des indications assez cohérentes. Malgré ces réserves, la définition d'indices semble intéressante et correspond à une demande des gestionnaires. Des propositions d'amélioration des méthodes existantes, ainsi que des éléments pour l'élaboration d'un indice synthétique sont présentés.
