La expansión actual de los criterios conservacionistas han promovido la utilización de las modernas metodologías que brinda la genética molecular para la caracterización de las razas, aunque la caracterización genética clásica basada en marcadores bioquímicos e inmunogenéticos se ha aplicado durante muchos años sobre todo en rumiantes y equinos en pruebas de identidad y control de filiación. El estudio del polimorfismo de los microsatélites del ADN han ofrecido muy buenos resultados, aunque también se ha trabajado con éxito en la investigación del ADN mitocondrial y de fragmentos de ADN amplificados aleatoriamente. En España estos métodos han sido utilizados en las especies bovina, ovina, caprina, porcina, equina y canina.
De cualquier forma, es importante considerar que la obtención de perfiles genéticos poblacionales para los caracteres morfológicos y productivos, es obligada en una aplicación práctica de los resultados obtenidos con los marcadores genéticos. En el presente trabajo se describen las principales iniciativas desarrolladas en los aspectos mencionados, ubicando los equipos españoles especializados.