La part des matériaux composites dans les structures aéronautiques devient de plus en plus importante et devrait se situer aux alentours de 50 % d'ici 2012. Dans la phase d'assemblage des tronçons d'avions, les centres de production aéronautiques actuels utilisent des Unités de Perçage Automatique (UPA) pneumatiques positionnés manuellement sur un outillage dédié pour le perçage axial des panneaux de structure. Les panneaux à percer sont des assemblages de matériaux composites, aluminium et titane. En particulier, le perçage de matériaux composites (hétérogène et anisotrope) peut engendrer l'apparition de défauts, tels que le délaminage ou l'écaillage, influençant directement les propriétés mécaniques. Les paramètres de coupe caractéristiques et l'usure des outils nécessitent d'être suivis et maîtrisés pour diminuer l'apparition de ces défauts macro et microgéométriques. Cet article présente donc la problématique du perçage de panneaux multi-matériaux, en rappelant les spécificités des matériaux usinés, les moyens de générations actuels ainsi que les modes de dégradations rencontrés. Un point sera fait sur l'influence des paramètres d'usinage sur la qualité géométrique et les défauts de surface. Les conclusions montreront les résultats obtenus et les développements à mener dans un futur proche.