Le fonctionnement des barrages situés sur la partie amont du Lot et de son affluent la Truyère influence la qualité des eaux des parties moyenne et inférieure, ou Lot canalisé. Cette influence est analysée à l'aide d'un modèle mathématique des écoulements qui permet de préciser les origines des diverses masses d'eau circulant sur 235 km du Lot canalisé. Des profils amont-aval réalisés à différentes époques de l'année ont dégagé les principaux facteurs de variation des teneurs en matières minérales et organiques, dissoutes ou particulées, en suspension dans l'eau. Dans un ordre d'importance décroissante, ces facteurs sont la saison, la turbidité et la minéralisation de l'eau.

L'influence saisonnière est surtout due à la température de l'eau, principal facteur explicatif des variations de chlorophylle a dans un modèle de régression multiple. Elle est accentuée par la diminution des débits d'étiage lors de l'exploitation hydro-électrique de la rivière en été.

La turbidité est surtout liée à la présence de matières minérales. Les effets les plus importants et les plus durables vers l'aval sont dus aux crues du Dourdou, affluent drainant des terrains gréseux du permo-trias. Les apports par ruissellement en période de pluie ont un effet moindre ; ceux directement liés aux activités humaines - gravières et rejets divers - parfois importants, demeurent localisés. Pour des débits encore modérés, les lâchers des barrages provoquent la remise en suspension des sédiments non stabilisés. Les algues augmentent la turbidité principalement sous la forme de matière organique inerte mêlée à des matières minérales.

Les eaux provenant de la Truyère, moins minéralisées, se révèlent moins propices aux développements d'algues que celles du Lot amont. Cependant, la corrélation positive existant entre la conductivité et la température traduit l'importance des rejets urbains et industriels au cours de l'étiage d'été.