1) Près de 190 espèces d'algues ont été identifiées dans le phytoplancton de la rivière Lot ; les Diatomées et les Chlorophycées dominent.

2) Les plus fortes biomasses (5 à 15 g de poids frais par m3) apparaissent dans les grands réservoirs de l'amont et dans la zone canalisée de la partie inférieure de la rivière lors de l'étiage estival. Aux très faibles débits sont associées des proliférations de Chlorophycées et une stratification verticale.

3) L'analyse des profils de photosynthèse, mesurée à l'aide de 14C, montre que la production photosynthétique par unité de surface (Σ A) est fonction de la capacité photosynthétique du phytoplancton (Pmax), de l'extinction de la lumière (α) et du logarithme du quotient énergie lumineuse incidente/intensité du début de saturation de la photosynthèse par la lumière (I'o/Ik). Pmax semble être déterminé par l'abondance des Chlorophycées nanoplanctoniques, elle-même liée à l'augmentation des températures et à la diminution du débit. Les variations de α suivent celles de l'abondance des matières en suspension où les algues n'interviennent que pour une faible proportion.

4) La production primaire du Lot moyen et inférieur a été estimée à 275 g C/m2/an dont près de 80 % correspond aux trois mois d'été.

5) L'étude d'une masse d'eau au cours de son déplacement montre qu'une grande part (80 %) du carbone assimilé est perdue par respiration. Cette respiration représente moins de la moitié de l'oxygène consommé. La production extracellulaire est importante en été.