En rivière, le cumul d'échantillons prélevés sur plusieurs mésohabitats fournit généralement une image de la communauté macrobenthique d'une station, chaque mésohabitat étant défini comme la combinaison d'un type de substrat et d'une gamme de vitesse de courant. Des simulations ont permis d'étudier la variabilité de l'image de la communauté d'une station où 8 mésohabitats seraient pris en compte alors que 11 sont réellement disponibles. Les résultats sont replacés dans le cadre de l'utilisation de l'Indice Biologique Global Normalisé (IBGN). Les indices de structure taxinomique sont extrêmement variables suivant la combinaison considérée. La richesse taxinomique est l'indice le plus stable si on le rapporte à sa gamme de variation. A l'opposé, l'abondance varie énormément. Les indices de diversité/dominance occupent une place intermédiaire. Plus un indice de structure intègre les abondances des taxons, plus il dépend des mésohabitats échantillonnés. La richesse taxinomique est intégrée à l'IBGN sous forme de classes, ce qui atténue l'effet de sa variabilité. Tout en respectant le protocole d'échantillonnage, l'incertitude sur la note IBGN peut atteindre 3 points. Des solutions sont envisagées pour optimiser les méthodes de suivi de la qualité biologique d'un cours d'eau.