Le présent article constitue la deuxième partie d'un triptyque consacré à la classification biologique (parties I et II) de 9 lacs de la Franche-Comté jurassienne en relation avec les facteurs écologiques (partie III). Cinquante-quatre taxons ont été répertoriés par l'application d'un protocole original d'analyse comparative de la macrofaune des sédiments (Verneaux et al. 1993a). Appliquées à quarante-deux taxons déterminés au genre, des analyses factorielles des correspondances permettent de sélectionner vingt-trois taxons (taxons repères) hiérarchisés par analyse de la distribution bathymétrique de leur densité relative et de leur fréquence. Utilisés pour caractériser les peuplements benthiques à 4 profondeurs (Z0 : 2 m, Z1 : 0,25 Zmax, Z2 : 0,50 Zmax, Z3 : 0,75 Zmax) ils permettent d'établir une classification des systèmes lacustres qui est alors comparée à une précédente classification obtenue par analyse de la biodiversité en zone littorale (B0 = v0 √d0) et de l'évolution de la variété avec la profondeur relative exprimée par un indice de déficit taxonomique fi = kvi/v0 (Verneaux et al. 1993a). Cette étude de la nature de la faune montre : — qu'en zone littorale, où les conditions mésologiques sont optimales, les systèmes étudiés, non pollués globalement, possèdent tous des taxons repères sensibles et se différencient essentiellement par le critère adéquat quantitatif B0, — que la modification de la nature de la faune avec la profondeur constitue un critère d'appréciation du mode de fonctionnement des systèmes susceptible de compléter utilement l'indice de déficit taxonomique fi. Ce travail souligne la nécessité d'associer, en matière de typologie, une analyse des 3 critères fondamentaux que sont la variété, la densité et la nature de la faune.